尿道上裂的癥狀主要表現為尿道開口在陰莖背側，根據尿道上裂程度不同，排尿位置可能在陰莖背側，可能在近端，也可能在遠端。患者嚴重時會伴有
恥骨聯(lián)合缺損，導致骨盆的前半部分缺失，從而導致膀胱上壁缺損，患者存在控尿困難。一些較輕患者可能能夠自己控制排尿，但陰莖頭是分裂開的狀態(tài)，陰莖表現為扁平狀態(tài)，其他還可能伴有陰莖的短小和陰莖彎曲等癥狀。早期癥狀：尿道開口位置異常。男性尿道開口可位于從恥骨聯(lián)合至陰莖頂部之間。女性異常的尿道開口位于陰蒂和
陰唇之間，遠端尿道缺如。晚期癥狀：反流性腎病。部分病人可合并伴隨畸形，出現膀胱輸尿管反流。
性功能障礙男性患者由于陰莖頭彎向腹壁，大多數不能性交。
